現(xiàn)為公安九課少校的草薙素子(坂本真綾 配音),按照課長(zhǎng)荒卷大輔(塾一久 配音)的指示外出調(diào)查運(yùn)輸機(jī)被神秘并機(jī)的事件。結(jié)果途中遭到巴特(松田健一郎 配音)率領(lǐng)的武裝分子的襲擊。與此同時(shí),遍布全國(guó)的交通管制系統(tǒng)也意外癱瘓。一切源于前七八聯(lián)合部隊(duì)的長(zhǎng)官曾我和哉(澤木郁也 配音),他因制造難民虐殺事件遭到國(guó)家指控,而他的下屬堅(jiān)信這一切都是國(guó)家陰謀。曾我不甘被污,因此試圖通過(guò)網(wǎng)絡(luò)揭露大國(guó)的丑行。素子在調(diào)查過(guò)程中漸漸了解真相,而她也朝著組建自己的部隊(duì)邁出重要的一步…… 本片為攻殼機(jī)動(dòng)隊(duì)前傳“ARISE”的第二部。