在第二次新吉恩戰(zhàn)爭、別名“夏亞的叛亂”終結(jié)后,地球圈取得了短暫的和平?! ∵@之后3年,宇宙世紀0096年。在工業(yè)殖民地“工業(yè)7號”上進行了一項秘密交涉。內(nèi)容為--被認為是地球聯(lián)邦政府暗中操控的“比斯特財團”將把最高機密“拉普拉斯之箱”交給新吉恩的殘黨軍“袖付”。 另一方面,在安納海姆工業(yè)專門學(xué)校就讀的少年巴納吉·林克斯遇見了自稱為奧黛麗·本的少女(實為舊吉恩公國次男多茲魯·扎比之女,美耐巴·扎比)奧黛麗為了制止新的戰(zhàn)爭爆發(fā),必須組織“拉普拉斯之箱”的交易。巴納吉在數(shù)次幫助奧黛麗之后,逐漸被她所吸引?! ‰S后,地球聯(lián)邦察覺了這起交易,并進行軍事介入,工業(yè)殖民地隨即化為一片火海。巴納吉和同伴一邊避難一邊尋找著奧黛麗,而出現(xiàn)在他面前的是比斯特財團的當(dāng)家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯將出生的秘密告訴了巴納吉,并且將箱之鑰匙--“機動戰(zhàn)士高達獨角獸”托付給他?! ‰S后,一場圍繞“拉普拉斯之箱”的戰(zhàn)爭開始了……