21世紀(jì)初,人類將多數(shù)人留在被哥斯拉蹂躪的地球上,僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆,前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗,人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發(fā)的時空歪曲,導(dǎo)致人類回到的地方變成了“兩萬年后的地球”。在這個地球,主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時,與??宋鞲?、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰(zhàn)術(shù)”,通過殊死戰(zhàn)斗成功擊倒了哥斯拉?! 〉矏偛⑽闯掷m(xù)多久,深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現(xiàn)身了。兩萬年間持續(xù)成長生存、身高300米、質(zhì)量超過10萬噸,在進(jìn)化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前,晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民,米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——?!案D亞的神也被哥斯拉擊破,如今只剩下卵。挑戰(zhàn)者、抗?fàn)幷?,全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們,晴男回應(yīng)道“這是以人類的雙手奪回地球的最后機會了”。 另一方面,比爾沙爾德的指揮官·加爾格,注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀(jì)他們在富士山麓作為“對哥斯拉決戰(zhàn)兵器”所開發(fā)、在啟動前遭到破壞的“機械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構(gòu)成。這正是當(dāng)時的開發(fā)設(shè)備至今仍然殘存的證明——。