自西元20XX年,人類從肯亞圖爾卡納湖的湖畔挖出了一個(gè)名叫索哈爾(Zohar)的物體之后,便開始對(duì)它進(jìn)行研究,后來有人重建出來所謂的“神之語言”,并建立電腦程式以啟動(dòng)原始索哈爾,進(jìn)行和上位領(lǐng)域的U-DO(上位領(lǐng)域當(dāng)中的紅色波動(dòng)存在)連結(jié)的連結(jié)實(shí)驗(yàn),但很不幸地,從上位領(lǐng)域流入下位領(lǐng)域的能量造成了事象變移,使地球(游戲中所謂的“失落耶路撒冷”)幾乎完從從宇宙中“消失”,人類因而被迫逃亡,離開地球?! 〉搅怂那甓嗪?,在故事開始前十五的T.C.4753年,米爾奇亞行星(Miltia)爆發(fā)了所謂的米爾奇亞沖突事件,在此次事件當(dāng)中,米爾奇亞行星的人類疑似遭到了格諾西斯(Gnosis)的攻擊,并在沖突事件后消失,但事件的真相卻因?yàn)槊谞柶鎭喌南Ф粸槿酥T谑录?,啟?dòng)原始索哈爾(后來人類制造出了十二具索哈爾模擬體,因此原有的索哈爾就被稱之為原始索哈爾)所需的神之語言、原始索哈爾的研究成果、米爾奇亞的U.M.N.座標(biāo)等事物,都被封存在Y資料當(dāng)中,而Y資料又被封存在百式觀測(cè)用合成人(Relian)M.O.M.O.的意識(shí)內(nèi),然而這么做卻引起了各方勢(shì)力對(duì)M.O.M.O.的爭(zhēng)奪,因此星團(tuán)聯(lián)邦政府(游戲中統(tǒng)治各行星的政府,英文名Galaxy Federation)雇了一個(gè)名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg),以保護(hù)M.O.M.O.的安全。 另一方面,在米爾奇亞沖突事件結(jié)束后的十幾年,也就是大約在游戲EPI開始的時(shí)候,當(dāng)時(shí)最大的企業(yè)貝克達(dá)公司以對(duì)抗格諾西斯侵?jǐn)_的名義,進(jìn)行對(duì)格諾西斯用戰(zhàn)斗兵器KOS-MOS的開發(fā)計(jì)劃,但和當(dāng)時(shí)多使用合成人(Relian)與生化人(Cyborg)的情況所不同的是,KOS-MOS是個(gè)純粹的機(jī)械制品。另一方面,在EPI開始時(shí),參與KOS-MOS開發(fā)計(jì)劃的貝克達(dá)公司第一開發(fā)局研究人員卯月紫苑,正乘著當(dāng)時(shí)載有還沒正式啟動(dòng)的KOS-MOS的Woglinde號(hào)太空船進(jìn)行旅途。但沒想到其太空船卻被沖著索哈爾而來的格諾西斯所攻擊,而KOS-MOS也在此時(shí)突然啟動(dòng),卯月紫苑因而被卷入一連串和格諾西斯及索哈爾有關(guān)的陰謀,以及會(huì)改變?nèi)祟惷\(yùn)的事件當(dāng)中……